Présentation

Le projet SK8 propose d’étudier, d’organiser, de mettre en place et de maintenir une offre de service pour l’hébergement d’applications R-Shiny pour les utilisateurs en priorité travaillant sur les thématiques du CATI IMOTEP (les différentes plateformes d’épidemiosurveillances et départements/unités associées) ainsi que toutes unités de l’institut INRAE intéressées.

Contexte

Ce projet est soutenu par le CATI IMOTEP et ses membres. Le CATI IMOTEP est un collectif regroupant des forces d’ingénierie au sein des équipes de recherches positionnées dans les domaines de l’épidémiologie (animale et végétale), et de la dynamique des populations dans les paysages agricoles.

Au sein de ces équipes de recherche la pratique de R et le développement d’applications web R-Shiny est très répandu car elle permet aux chercheurs de partager facilement leurs travaux via des applications Web. D’autres membres plus opérationnels, par exemple pour les plateformes d’épidémiosurveillance, les applications R-Shiny répondent à un besoin de restitution et de vulgarisation de résultats de leurs travaux à destination du grand public, des décideurs et des scientifiques. Les possibilités de visualisations interactives (cartographie, statistiques, visualisation de données…) permettent une communication efficace et compréhensible des études réalisées par les statisticiens et épidémiologistes des différentes plateformes.

Cependant, l’hébergement de manière sécurisée , automatisée, contrôlée et scalable est un verrou technique majeur dans la mise en ligne de ces applications.

Constat

Des besoins d’hébergements d’applications R-Shiny sont ressortis au sein du CATI IMOTEP et plus largement parmi différentes unités de recherche INRAE.

Ces besoins, en augmentations, nécessitent une solution d’hébergement des applications R-Shiny qui soit facile d’accès, pérenne et sécurisée.

Le projet SK8, représenté par ses membres, veut répondre à cette problèmatique.

Propositions

Des solutions libres et opensources sont apparues ces dernières années dans la communauté R.

Avec ces différentes possibilités et le background des membres du projet sur cette thématique une solution a émergé.

Le projet dans sa version 1 vise à offrir un service basé sur GitLab pour la gestion du code, la création et le stockage des images (docker) des applications et de déployer automatiquement les applications sur un cluster Kubernetes (K8S) fourni par la DSI INRAE.
Le but est de fournir un hébergement d’une application R-Shiny accèssible via une URL public et d’accompagner et simplifier ce processus pour les utilisateurs.

Une partie d’une telle infrastructure est déjà en production au sein de l’unité BioSP pour la Plateforme d’Epidémiosurveillance en Santé Végétale.

Organisation

-> Groupes de Travail

Roadmap

La version 1, prévu pour Avril 2022, se veut être une première brique répondant à la satisfaction des besoins des diffèrentes plateformes d’épidémiosurveillances pour leurs applications. Elle pourra permettre dans une version future de pouvoir proposer une offre à l’echelle de l’institut INRAE.

Planification simplifié du projet.